В началото на 1989 се закриват единните центрове и научните обединения за научни изследвания и подготовка на кадри по решение на МС.

На 21 декември 1989 г. Общото събрание на академиците и член-кореспондентите гласува оставките на част от членовете на Президиума и приема нови членове. Акад. Сендов остава председател на БАН.

На 28 февруари 1990 г. Президиумът на БАН създава Комисия за разглеждане на жалбите за деформации и нарушения на правата на учените с председател специалистът по международно право чл.-кор. Александър Янков.

1991, 15 октомври – приет е Законът за БАН, според който Академията е „национална автономна организация за научни изследвания, която обхваща академичните институти и други самостоятелни структурни звена“.

1991, 9 декември – Първото общо събрание избира за временен председател на БАН акад. Йордан Малиновски, както и гласува неговите заместници и научните секретари по направления.

На снимката: акад. Йордан Малиновски

През януари 1992 г. е сформирана Комисия по разглеждане на участието на Академията във „възродителния процес“, оглавена от ст.н.с. І ст. Иван Божилов.

1992, 10 февруари – избрана е нова комисия по етика и деформации, оглавена от ст.н.с. І ст. д.м.н. Николай Янев.

1992, 29 юни – Първото общо събрание гласува Устава на БАН, според който Академията е национална автономна организация, която извършва фундаментални изследвания, популяризира ги и създава високоспециализирани кадри.

1992, 6 юли – избрано е постоянно ръководство на Академията в лицето на акад. Йордан Малиновски.

1992, 29 юни – Първото общо събрание гласува Устава на БАН, според който Академията е национална автономна организация, която извършва фундаментални изследвания, популяризира ги и създава високоспециализирани кадри.

1994, 16 май – със заповед на председателя на БАН е създаден Съвет за чуждестранна българистика с председател ст.н.с. д-р Анисава Милтенова, с печатно издание Българистика/Bulgarica.

1994 – провеждат се атестация и съкращение на учени и звена от БАН.

1994 – акад. Малиновски е удостоен с награда от Европейската академия на изкуствата, науките и литературата „за решимостта, настойчивостта и последователността“, с които като председател на БАН провежда реформата.

На снимката: Списание Българистика/Bulgarica

На 8 април 1996 г. за председател на БАН е избран чл.-кор. Иван Юхновски. Той е преизбиран за председател на БАН до 2008 г.

През юли 1996 г. започва да излиза „Информационен бюлетин на БАН“.

През януари 1997 г. се създава Център за обучение при БАН

1999 – БАН се присъединява към Европейската схема за обмен.

2002 – БАН става член на Европейската научна фондация.

На снимката: Иван Юхновски

2005 – открит е Център за иновации за привличане на контакти от страната и чужбина, който през 2010 г. е преименуван на Единен център за иновации на БАН. Той става координиращо звено в политиката на БАН за иновации, патентно дело и проектна компетентност.

През 2007 в БАН се откриват Национален антропологичен музей и Национален център за ядрен магнитен резонанс.

2008, 18 юни – V ОС избира акад. Никола Съботинов за председател на БАН.

2008 – създават се първите регионални академични центрове в Пловдив и Варна

2009, май–ноември – Академията е подложена на международна проверка от външни оценители от Европейската научна фондация и Европейската федерация на националните академии на науките. Като цяло заключението на експертите е, „че по-голямата част от институтите на БАН извършват ценна изследователска дейност според международните стандарти“.

2010 – на основата на международната оценка и националната атестация се провежда реформа в БАН, при която институтите се окрупняват и стават 42 на брой плюс 5 специализирани звена, обединени в 9 основни научни направления.

На снимката: Националният антропологичен музей в БАН 

На 31 март 2011 г. влиза в сила Законът за развитие на академичния състав на Република България, който изравнява академичните длъжности в БАН и във висшите училища.

2012, 11 юни – VІ ОС избира за председател на БАН акад. Стефан Додунеков.

2012, август–декември – поради кончината на акад. Додунеков временно управляващ БАН е проф. Евгений Николов.

2013 – започва да излиза на български и английски език в електронен вид, а на хартия – само на английски ново общоакадемично списание „Доклади на БАН. Хуманитаристика и обществени науки“ („Papеrs of BAS. Humanities and Social Sciences“).

На 3 декември 2012 г. VІ ОС избира за председател на БАН акад. Стефан Воденичаров.

На 1 декември 2016 г. VІІ ОС избира за председател на БАН акад. Юлиан Ревалски.

2017-2018 се провежда кампания „БАН представя своите институти“

2018 – БАН изработва Стратегия за развитие на БАН с оглед Националната стратегия 2017-2030

2018 – Националният институт по метеорология и хидрология от БАН преминава към Министерство на образованието и науката

2019 – чествания на 150 годишнината на БАН

На снимката: акад. Юлиан Ревалски