Институтът по паралелна обработка на информацията е основан през 1985г. като Координационен център по информатика и изчислителна техника (КЦИИТ), който обединява три лаборатории: “Разпределени изчислителни системи и мрежи от изчислителни машини”, “Високопроизводителни системи и алгоритми за паралелна обработка” и “Външни запомнящи устройства на нови принципи”. Първият директор на института е акад. Благовест Сендов. Основната цел за създаване на Института е да се координират изследванията в обласста на компютърните и комуникационните технологии и техните приложения, както и сътрудничеството между БАН, българските университети и ведомствените институти. Тя включва изискването, получените научни резултати да водят до краен продукт за серийно производство. В КЦИИТ са назначени талантливи млади математици, компютърни инженери, физици, информатици, лингвисти, радиоинженери и други специалисти. Пред тях е поставена основната задача да разработят съвременни компютърни системи и устройства и методи за тяхното проектиране, както и да създават нови математически методи за решаване на широк клас задачи за различни научни области и за производствената сфера. Първостепенно изискване към тези методи е те да позволяват разработване на програмни продукти и системи с оптимално използване на разпределени компютърни ресурси. Скоро след основаването на КЦИИТ лабораториите му се увеличават с още две: “Лингвистично моделиране” и “Обработка на сигнали”.
След 1992г., когато в България навлизат принципите на пазарната икономика, задачите на КЦИИТ се променят. Новите приоритети на БАН изменят и нейната структура. През 1996г. Координационният център по информатика и изчислителна техника е преименуван в Централна лаборатория по паралелна обработка на информацията (ЦЛПОИ). От 2003г. ЦЛПОИ получава нов статут – Инстут по паралелна обработка на информацията.