Научната и финансовата политика на ИПОИ се определят от Научния съвет, а непосредственото ръководство се осъществява от Директора, подпомаган във вземането на решения от Дирекционния съвет. В Дирекционния съвет участват Председателят на научния съвет, Заместник директорът, Научният секретар, Ръководителят на общото събрание на учените, Ръководителите на секции, всички академици и старши научни сътрудници I степен, както и Главният счетоводител и Началникът на административния отдел.
Членове на Научния съвет са всички академици и старши научни сътрудници I степен, всички ръководители на секции, водещите учени от института, както и академици и старши научни сътрудници I степен от инстути на БАН със сходна тематика, от СУ “Св. Кл. Охридски”, ТУ София, ВА “Г. С. Раковски” и др. Финансовият отдел се ръководи от главен счетоводител, а началникът на Личен състав отговаря за кадровото обслужване на инстиута. Международните контакти се осъществяват от Административния отдел със секретариат, който отговаря за издателската дейност и публикациите, както и за кореспонденцията с български и чуждестранни органицации. Техническото обслужване на инстута и свързаните с него допълнителни дейности се ръководят от помощник-директор.