Учените от Института по океанология (ИО – БАН) работят по над 50 национални и международни проекта, финансирани в най-различни направления по европейски програми и фондове. Освен по програмата „Хоризонт 2020“ на ЕК, проекти се финансират и от Европейската агенция за малки и средни предприятия,  INTERREG и др. Тази активност е част от мащабната научноизследователска дейност на института, която обхваща мониторинг, оценка и опазване на морската среда.

Институтът е силно отворен към работа в международни екипи, като през последните две години ИО-БАН затвърди позицията си на водещ изследователски център в Черноморския басейн с фокус върху климатичните промени, изследване на динамиката на биоразнообразието в Черно море и търсене на отговори за причините за тези промени, мониторинг в реално време, използването на АРГО буйове, което е „златен стандарт“ в модерната океанография, тъй като позволява проследяване на промените в дълбочина,  които предават данни за температурата, солеността, дигитализацията на морската среда.

България продължава да бъде част от консорциума на европейската научна инфраструктура за наблюдение на океана EURO-Argo ERIC, към който се присъедини през 2018 г. Той включва 14 държави: 12 членки и 2 наблюдатели, и е със статут на Европейски научноизследователски консорциум (ЕНИК). В него България се представлява именно от Института по океанология.

Един от последните проекти, по които работят учени от института, се нарича „Мрежа за мониторинг на неинвазивни рифови видове риби в Черно море (WatchReefFish)“, чиято основна цел е да създаде, стандартизира и подобри трансгранична мрежа за неинвазивен мониторинг на риби (местни и неместни) за рифовите екосистеми в Черно море. Проектът е насочен към подобряване и опазване на биоразнообразието и предлагане на нови морски защитени територии (МЗТ) чрез повишаване на разбирането за биоразнообразието на рифовите риби, насърчаване на практики за устойчиво управление и стимулиране на стандартизирани положителни промени в оценките, опазването и управлението на рибните ресурси.

Друг интересен проект –  BLISS „Черноморска инициатива за устойчива есетра“ пък се фокусира върху опазването и устойчивото управление на популациите на есетрови риби в Черно море. В неговите рамки ще бъдат провеждани проучвания в река Дунав, както и в други реки, които са ключови местообитания за хвърляне на хайвера и живот на есетровите видове в Черно море. Прави се, за да се оцени текущото състояние на факторите, които влияят негативно върху устойчивостта на есетрите, както и възможностите за рехабилитация и възстановяване. Освен това случайно уловените есетри ще бъдат маркирани с помощта на сателитни и акустични устройства за проследяване.